1.过量使用化肥
化肥是蔬菜的“粮食”，对提高蔬菜产量起着重要作用。但由于化肥中常含有许多有害物质，如重金属、氟、有毒有机化合物等，常年重复、过量使用会污染土壤。同时，频繁施用氮肥影响土壤中硝态氮的含量水平，土壤硝态氮的积累量随总施氮量的增加而增加，施用氮肥过多的土壤会使蔬菜中硝酸盐含量过高，这种累积虽对植物本身无害，但危害取食的动物和人类。另外，长期大量使用单一品种化肥，特别是生理酸性肥料，会导致土壤酸化，土壤酸化后会导致有毒物质的释放，或使有毒物质毒性增强，对蔬菜产生不良影响。
2.有机肥料未经无害化处理
将未经无害化处理的人畜粪便、城市生活垃圾及携带有病原菌的植物残体制成的有机肥料施入土壤，某些病原菌会在土壤中大量繁殖，造成土壤的生物污染，尤其是在大棚高温、高湿的小气候环境中，更适宜病原菌生长。病原体可以通过土壤进入蔬菜，使蔬菜产生病变，降低蔬菜产量和品质，进而危害人类健康。据调查，上海市郊蔬菜大肠菌群检出率为13.7％，寄生虫卵检出率为11.9％，蔬菜受病原菌污染严重。据孙锡娟等研究，人畜粪便中的细菌总数高达108-109 个/g，总大肠菌群也有107-108个/g。为了避免因施用有机肥料造成土壤有害生物的污染，国家规定，商品有机肥蛔虫卵死亡率和粪大肠菌群数指标应符合NY884 的要求，即蛔虫卵死亡率≥95%、粪大肠菌群数≤100 个/g（mL）。
3.农药残留
随着拌种、浸种、喷洒和药物浇灌，农药进入土壤会被土壤胶粒及有机物吸附，一部分被土壤降解，由蔬菜吸收转化，还有一部分形成残留。尤其是在菜农使用不当和过量使用的情况下，造成的污染更加严重。为了降低成本，部分菜农倾向于使用价格低廉但高毒高残留农药。农药残留特别是不合格农药的使用，也是造成蔬菜大棚土壤污染的重要因素。
4.污水灌溉
使用不经无害化处理的污水或处理不彻底的污水灌溉蔬菜，会对土壤造成二次污染。研究表明，污水中的Hg、As、Cd、Pb、Cr
等重金属，以不同的方式被土壤截留固定，95%的Hg 被土壤矿质胶体和有机质迅速吸收，一般累积在土壤表层，自上而下递减。污水中的病原微生物和寄生虫会造成土壤病原菌污染。从土壤的微形态看，污水灌溉的土壤孔隙细密，通气性、透水性差，容易引起蔬菜根系霉变、腐烂甚至坏死，不利于蔬菜的生长。
5.地膜残留
地膜在大棚蔬菜种植中广泛使用，尤其是全膜技术的普及，使残留大幅增加，超薄地膜的使用更是给土壤健康带来了严重危害。我国有关部门规定聚乙烯地膜的厚度不应低于0.008 mm，但个别企业和菜农为了降低成本，往往生产、使用价格低廉的超薄膜。地膜越薄，强度和抗拉能力越差，且易老化，破碎后难以捡拾，更易形成残留。