西葫芦种子在我国以早春和冬春茬为主，这两茬西葫芦病害轻，品质鲜嫩，经济效益好。因此，宜选择适宜于当地栽培的抗病虫强、丰产性好的西葫芦良种。
培育无公害西葫芦种子除了选对种子之外还要从以下几个方面入手：
1、种子处理：
①温汤浸种法：55℃温水，按1份种子4～6份水的比例将水加入盛种子的容器内浸泡15分钟，不断搅拌至水温30℃，再继续浸种4小时。冲净黏液沥干催芽。
②药剂消毒：1％高锰酸钾浸种20～30分钟，或用10％磷酸三钠液浸种20～30分钟，药剂消毒后，可杀灭或钝化种子携带的病菌。
③70℃恒温处理种子72小时（防病毒病、细菌性角斑病）。
2、育苗床土消毒。
3、定植期幼苗病虫防治：保护地栽培设防虫网阻虫，铺设银灰色地膜或挂银灰膜条、棚室消毒等同黄瓜。