随着西葫芦种植面积的扩大，西葫芦种子产业迎来了机遇。但由于制种程序不规范，使各地同一种性壮差异很大。因此规范西葫芦制种程序很有必要。西葫芦种子质量的程序控制可分为：自交系、播种及苗情、授粉标记、采收、加工和销售等质量的程序控制。
西葫芦自交系的质量控制
自交系原原种
在自交系种植圃中必须同株雌雄花授粉，并严格3次株选：一是定植时选择生长健壮、雌花节位低而多的植株；二是去掉第1多雌花，留第2～4多雌花，严格套袋标记，同株授粉，待种瓜坐住后，选择1～个优良种瓜留种，其余摘除；三是种瓜成熟留下性状典型和健康的种瓜采收种子做为原原种。
自交系
通过3条途径扩繁自交系：一是在隔离网棚中种植，隔绝了蜜蜂及其它昆虫，不必套袋，人工姐妹交繁殖；二是露地种植（不考虑隔离），严格雌雄花套袋，姐妹交后做好标记繁殖；三是距离隔离扩繁，在周围1000M以上区域无种植西葫芦的田块，去除第1雌花，任由昆虫传粉繁殖。