西葫芦种子的灰霉病病菌一般从凋萎的残花开始侵入，初期花瓣呈水渍状，后变软腐烂，并生出灰褐色霉层，使花瓣腐烂、萎蔫、脱落，之后病菌逐渐向幼瓜扩展。受害部位先变软腐烂，后着生大量灰色霉层。
菌核病主要侵染茎蔓和瓜，瓜染病时，初呈水渍状腐烂，后软化，长出白色菌丝，病斑上散生鼠粪状黑色菌核。
菌核病与灰霉病的防治方法和用药基本相同，可以采用蘸花、喷雾和烟剂熏蒸相结合的方法防治。
一是要在蘸花药中加入50%异菌脲可湿性粉剂500倍液预防。
二是喷施50%异菌脲可湿性粉剂或50%乙烯菌核利水分散粒剂1000倍液。
三是在闭棚后每亩用10%菌核净烟剂200克熏蒸。为避免西葫芦发生药害，熏烟时间应选在下半夜，并在第二天早上通风。